Sprawami podopiecznych Fundacji bezpośrednio zajmują się pracownicy Centrum Charytatywnego „Koniczynka”. To do nich rodzice i opiekunowie dzieci przesyłają faktury i rachunki związane z leczeniem i rehabilitacją, a także poprawą warunków bytowych. Tutaj organizuje się zbiórki publiczne na rzecz podopiecznych, odbywające się w wielu miejscach kraju.
Koszty obsługi księgowej, informacyjnej i informatycznej kilkunastu tysięcy kont podopiecznych wynoszą ponad 1,2 mln zł rocznie. Do dyspozycji rodziców i opiekunów dzieci zrzeszonych w Fundacji od poniedziałku do piątku, w godzinach 7.00–16.00 pozostaje ponad 20 pracowników.
Te udogodnienia znacznie usprawniają pracę Centrum Charytatywnego „Koniczynka”.
Pracownicy Fundacji pomagają podopiecznym pozyskiwać darowizny, redagują ich apele o pomoc, zakładają subkonta dla nowych dzieci.
W ramach Centrum Charytatywnego „Koniczynka” działają grupy wsparcia, organizowane są szkolenia, a także prowadzony jest portal internetowy www.fundacjadzieciom.pl
Od stycznia 2012 roku Centrum Charytatywne „Koniczynka” ma nową siedzibę przy ul. Gdańskiej 24 w Warszawie.
